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Après de nombreux entretiens avec des patients ou des sujets homosexuels qu’il fréquente en tant que médecin, et la lecture d’articles demandant la dépénalisation de l’homosexualité masculine dans l’empire austro-hongrois, Krafft-Ebing en vient à la conclusion que les homosexuels et les lesbiennes ne sont pas des dégénérés. Il milite dans le sens d'une dépénalisation des pratiques homosexuelles (la législation autrichienne étant très dure sur ce point).

Il élabore une théorie selon laquelle l’homosexualité résulterait d'une anomalie lors du développement du cerveau de l'embryon ou du fœtus, anomalie provoquant une inversion sexuelle des sentiments, représentations et désirs sexuels. Quelques années plus tard, en 1901, il amende cette hypothèse en publiant un article dans le Jahrbuch für sexuelle Zwischenstufen où il substitue le mot différenciation au terme anomalie. Mais ces conclusions restent méconnues pendant des années, en partie à cause du succès des théories de Sigmund Freud, mais aussi à cause de l’opposition de l’Église catholique qui désapprouve ses positions sur l’homosexualité et qui, surtout, s’offusque de voir Krafft-Ebbing associer l’aspiration à la sainteté et au martyr à des formes d’hystérie, et à les rapprocher des pratiques utilisées dans le masochisme (flagellation, mortifications, etc.)

Quelques années plus tard, d'autres spécialistes arrivent à des conclusions similaires et abordent le problème de la transsexualité en termes de différenciation relevant de la chirurgie plutôt que du traitement psychiatrique ou de la thérapie analytique.

En rebondissant sur cette anomalie du développement du cerveau de l'embryon ou du fœtus il est plus aisé de comprendre les raisons réelles et sincères des personnes désirant changer de sexe.